|
Lecturer(s)
|
-
Georgiev Daniel, Doc. PhD.
|
|
Course content
|
Biology (4 lectures): Introduction, central dogma of molecular biology, regulation mechanisms and signal transduction, and other mechanisms. Modeling (5 lectures): The fundamental stochastic model, deterministic models of chemical reaction networks, other deterministic approximations, analysis, and common motifs. Identification (3 lectures): Identification strategy, structural identification, identification of kinetics, and parameter estimation.
|
|
Learning activities and teaching methods
|
Collaborative instruction, Discussion, Multimedia supported teaching, One-to-One tutorial, Students' self-study, Textual studies, Lecture, Practicum
- Presentation preparation (report in a foreign language) (10-15)
- 15 hours per semester
- Individual project (40)
- 39 hours per semester
- Practical training (number of hours)
- 39 hours per semester
- Contact hours
- 39 hours per semester
|
| prerequisite |
|---|
| Knowledge |
|---|
| student nemá žádné znalosti |
| student má alespoň střední znalosti anglického jazyka |
| Skills |
|---|
| student má základní počítačové dovednosti |
| student umí komunikovat písemně a verbálně v anglickém jazyce |
| Competences |
|---|
| N/A |
| N/A |
| learning outcomes |
|---|
| Knowledge |
|---|
| student je seznámen s koncepty biochemických reakcí |
| student je seznámen s prvky genetických sítí |
| student je seznámem s motify genetických sítí |
| student rozumí princpům robustnosti ve vybraných biochemických systémech |
| Skills |
|---|
| student umí schematicky popsat biochemický buněčný systém |
| student umí sestavit systém diferenciálních rovnic pro biochemické sítě pomocí Guldberg Waage zákonu |
| student umí zjednodušit biochemický systém rozdělením časových řádů |
| student umí parametrizovat biochemické reakce pomocí Miechalis-Menten konstant |
| student umí popsat genetické regulační sítě pomocí principů kooperativity |
| student umí realizovat daný biochemický systém v softwarovém nástroji založeným na biochemických pravidlech |
| student umí iterativně naladit dynamické chování biochemického systému pomocí parametrizovaných motifů |
| student umí prezentovat svojí práci v anglickém jazyce |
| Competences |
|---|
| N/A |
| N/A |
| N/A |
| N/A |
| teaching methods |
|---|
| Knowledge |
|---|
| Lecture |
| Practicum |
| Multimedia supported teaching |
| Textual studies |
| Collaborative instruction |
| Self-study of literature |
| One-to-One tutorial |
| Discussion |
| Skills |
|---|
| Lecture |
| Practicum |
| Multimedia supported teaching |
| Textual studies |
| Collaborative instruction |
| Self-study of literature |
| One-to-One tutorial |
| Discussion |
| Competences |
|---|
| Lecture |
| Practicum |
| Multimedia supported teaching |
| Textual studies |
| Collaborative instruction |
| Self-study of literature |
| One-to-One tutorial |
| Discussion |
| assessment methods |
|---|
| Knowledge |
|---|
| Skills demonstration during practicum |
| Skills |
|---|
| Project |
| Individual presentation at a seminar |
| Competences |
|---|
| Skills demonstration during practicum |
| Individual presentation at a seminar |
| Seminar work |
|
Recommended literature
|
-
Gerald Karp. Cell and Molecular Biology: Concepts and Experiments. Wiley, 2007. ISBN 978-0-470-04217-5.
-
Zoltan Szallasi, Jorg Stelling, and Vipul Periwal. System Modeling in Cellular BIology: From concepts to nuts and bolts. The MIT Press, 2006. ISBN 0-262-19548-8.
|