Práce se zabývá citlivostní analýzou metod pro identifikaci haplotypů. V teoretické části jsou obsaženy základní poznatky o transplantaci krvetvorných buněk, reakcích imunitního systému na ni, informace o HLA ("Human leucocyte antigens") znacích, způsobech typizace HLA znaků, a teoretický rozbor metod identifikace haplotypů, tj. Clarkova, EM ("Expectation-Maximization") a Bayesova algoritmu. Praktická část je věnována implementaci dvou zvolených algoritmů v prostředí programovacího jazyka Java, jejich výsledkům a zhodnocení, co se týče předností a nedostatků, které jsme stanovili na základě implementace. Na konci práce se nachází výkladový slovník pojmů.
Anotace v angličtině
The work deals with a haplotype identification methods sensitivity analysis. A theoretical section should provide basic facts about haematopoietic stem cells transplantation, following reactions of immune system, HLA ("Human leucocyte antigens") types, methods for typing and a theoretical analysis of the haplotype identification methods, i.e. Clark, Expectation-Maximization and Bayes algorithm. A practical section focuses on two elected methods implementation using the computer programming language Java, results and an evaluation on advantages and disadvantages derived by the implementation. There is a monolingual dictionary at the end of the work.
bone marrow transplantation, haematopoietic stem cells, HLA, HLA typing, allele, haplotype, genotype, Clark algorithm, EM algorithm.
Rozsah průvodní práce
53
Jazyk
CZ
Anotace
Práce se zabývá citlivostní analýzou metod pro identifikaci haplotypů. V teoretické části jsou obsaženy základní poznatky o transplantaci krvetvorných buněk, reakcích imunitního systému na ni, informace o HLA ("Human leucocyte antigens") znacích, způsobech typizace HLA znaků, a teoretický rozbor metod identifikace haplotypů, tj. Clarkova, EM ("Expectation-Maximization") a Bayesova algoritmu. Praktická část je věnována implementaci dvou zvolených algoritmů v prostředí programovacího jazyka Java, jejich výsledkům a zhodnocení, co se týče předností a nedostatků, které jsme stanovili na základě implementace. Na konci práce se nachází výkladový slovník pojmů.
Anotace v angličtině
The work deals with a haplotype identification methods sensitivity analysis. A theoretical section should provide basic facts about haematopoietic stem cells transplantation, following reactions of immune system, HLA ("Human leucocyte antigens") types, methods for typing and a theoretical analysis of the haplotype identification methods, i.e. Clark, Expectation-Maximization and Bayes algorithm. A practical section focuses on two elected methods implementation using the computer programming language Java, results and an evaluation on advantages and disadvantages derived by the implementation. There is a monolingual dictionary at the end of the work.