V současné době neexistuje standard datového formátu pro ukládání elektrofyziologických dat. Tento standard je nutný pro rozšíření možností sdílení dat s dalšími výzkumníky. Tato diplomová práce se zabývá úpravou modelu pro reprezentaci ukládání dat z elektroencefalografických a experimentů využívajících metodu evokovaných potenciálů a metadat těchto experimentů. Byly prozkoumány existující datové formáty pro ukládání naměřených binárních dat a metadat a jejich ontologie, byla definována terminologie, struktura a byl vybrán vhodný formát pro ukládání těchto dat. Dále byl vytvořen program, který umožňuje ukládat do vybraného formátu naměřená data a informace o experimentu.
Annotation in English
Currently there is no standardized data format for storing electrophysiological data. This standard is necessary for the improvement of sharing capability. This master thesis deals with the adjustments of data and metadata model for measured data from Electroencephalography and Event-related potentials experiments. The formats for storing electroencephalography data and their ontology were examined. The adjusted file format for export of measured binary data and metadata with experiment details was chosen. Terminology and structure for the experimental metadata were defined. The program that exports the measured data and information about the experiment into the appropriate file format was also implemented.
eeg, electroencephalography, data format, hdf5, NIX
Length of the covering note
75
Language
AN
Annotation
V současné době neexistuje standard datového formátu pro ukládání elektrofyziologických dat. Tento standard je nutný pro rozšíření možností sdílení dat s dalšími výzkumníky. Tato diplomová práce se zabývá úpravou modelu pro reprezentaci ukládání dat z elektroencefalografických a experimentů využívajících metodu evokovaných potenciálů a metadat těchto experimentů. Byly prozkoumány existující datové formáty pro ukládání naměřených binárních dat a metadat a jejich ontologie, byla definována terminologie, struktura a byl vybrán vhodný formát pro ukládání těchto dat. Dále byl vytvořen program, který umožňuje ukládat do vybraného formátu naměřená data a informace o experimentu.
Annotation in English
Currently there is no standardized data format for storing electrophysiological data. This standard is necessary for the improvement of sharing capability. This master thesis deals with the adjustments of data and metadata model for measured data from Electroencephalography and Event-related potentials experiments. The formats for storing electroencephalography data and their ontology were examined. The adjusted file format for export of measured binary data and metadata with experiment details was chosen. Terminology and structure for the experimental metadata were defined. The program that exports the measured data and information about the experiment into the appropriate file format was also implemented.
eeg, electroencephalography, data format, hdf5, NIX
Research Plan
Seznamte se s dostupnými datovými formáty používanými v elektrofyziologii.
Seznamte se s aktuálním stavem v oblasti standardizace datových formátů a ontologií pro elektrofyziologii, zapojte se do pracovní skupiny INCF (International Neuroinformatics Coordinating Facility).
Seznamte se s aktuálním stavem portálu pro uchovávání a správu elektrofyziologických experimentů (EEG/ERP portál), zaměřte se na jeho datový model a používané datové formáty.
Na základě bodů 1, 2 a 3 zvolte vhodný datový formát pro elektrofyziologické experimenty ukládané a sdílené v EEG/ERP portálu, navrhněte jeho obsah a strukturu.
Navrhněte a implementujte softwarový prostředek, který transformuje portálová data a metadata uložená v BrainVision formátu do Vámi zvoleného formátu.
Výsledné řešení otestujte.
Zhodnoťte dosažené výsledky.
Research Plan
Seznamte se s dostupnými datovými formáty používanými v elektrofyziologii.
Seznamte se s aktuálním stavem v oblasti standardizace datových formátů a ontologií pro elektrofyziologii, zapojte se do pracovní skupiny INCF (International Neuroinformatics Coordinating Facility).
Seznamte se s aktuálním stavem portálu pro uchovávání a správu elektrofyziologických experimentů (EEG/ERP portál), zaměřte se na jeho datový model a používané datové formáty.
Na základě bodů 1, 2 a 3 zvolte vhodný datový formát pro elektrofyziologické experimenty ukládané a sdílené v EEG/ERP portálu, navrhněte jeho obsah a strukturu.
Navrhněte a implementujte softwarový prostředek, který transformuje portálová data a metadata uložená v BrainVision formátu do Vámi zvoleného formátu.